موسم 2008-09

بعد رحيل رونالدينيو عن النادي، ورث ميسي قميصه حامل الرقم 10.[55] في 1 أكتوبر 2008، خلال مباراة دوري أبطال أوروبا ضد شاختار دونيتسك، سجل ميسي هدفين في الدقائق السبع الأخيرة، بعد نزوله بديلاً لتييري هنري، ليقلب نتيجة 0-1 إلى فوز 2-1 لبرشلونة.[56] كانت مباراة الدوري القادمة ضد أتلتيكو مدريد، مباراة وصفت بمثابة معركة ودية بين ميسي وصديقه الحميم سيرجيو أغويرو.[57] سجل ميسي هدفاً من ركلة حرة، وصنع آخر فيما تقدم برشلونة بالفوز بالمباراة 6-1.[58] أحرز ميسي هدفين آخرين مثيرين للإعجاب ضد إشبيلية بتسجليه من تسديدة من 23 متراً (25 ياردة) ومن ثم دحرجة الكرة حول حارس المرمى وتسجيله من زاوية ضيقة للطرف الآخر.[59] في 13 ديسمبر 2008، في أول كلاسيكو لهذا الموسم، سجل ميسي الهدف الثاني في المباراة التي فاز بها برشلونة 2-0 على ريال مدريد،[60] كما حصل على المركز الثاني لجائزة أفضل لاعب في العالم لسنة 2008 بستمائة وثمانية وسبعون نقطة.[9]
سجل ميسي أول هاتريك لعام 2009 في مباراة كأس ملك إسبانيا ضد أتلتيكو مدريد التي فاز بها برشلونة بنتيجة 3-1.[61] سجل ميسي هدفين آخرين مهمين في 1 فبراير 2009، بنزوله بديلاً في الشوط الثاني ليساعد برشلونة في هزيمة راسينغ سانتاندر بنتيجة 1-2، بعد أن كانت 1-0، وكان الهدف الثاني الهدف رقم 5000 لبرشلونة في الدوري.[62] في الجولة الثامنة والعشرون من الدوري الإسباني، سجل ميسي هدفه الثلاثين لهذا الموسم في جميع البطولات، ليساعد فريقه للفوز بنتيجة 6-0 على نادي مالقا.[63] في 8 أبريل 2009، سجل مرتين ضد بايرن ميونيخ في دوري أبطال أوروبا، ليسجل رقماً قياسياً شخصياً بثمانية أهداف في البطولة.[64] في 18 أبريل، حقق ميسي هدفه العشرين في الدوري لهذا الموسم بالفوز على مضيفه خيتافي 1-0، ليسمح لبرشلونة بالحفاظ على فارق الست النقاط في صدارة جدول الدوري عن ريال مدريد.[65]
باقتراب نهاية موسم برشلونة، سجل ميسي هدفين، ليتوج بالفوز 6-2 على ريال مدريد في ملعب سانتياغو برنابيو،[66] وقد اعتبرت هذه الهزيمة الأقسى لريال مدريد منذ عام 1930،[67] وبعد تسجيل كل هدف، كان ميسي يركض نحو الجماهير وآلات التصوير ويرفع قميصه وليعرض قميص آخرى كتب عليه Síndrome X Fràgil، أي "مرض متلازمة أكس الهشة"، لإظهار دعمه للأطفال الذين يعانون من هذا المرض.[68]
شارك ميسي في صناعة هدف أندريس إنيستا في الوقت المحتسب بدل الضائع ضد نادي تشيلسي في دوري أبطال أوروبا في الدور قبل النهائي ليرسل برشلونة مباشرة لمواجهة مانشستر يونايتد في النهائي. فاز ميسي في أول بطولة كأس ملك إسبانيا في 13 مايو، وأحرز هدفاً وصنع اثنين آخرين، في الفوز بنتيجة 4-1 على أتلتيك بيلباو.[69] وساعد فريقه بالحصول على الثنائية من خلال الفوز بالدوري الإسباني. في 27 مايو ساعد برشلونة في الفوز بدوري أبطال أوروبا بتسجيله الهدف الثاني في الدقيقة 70، الأمر الذي منح الفريق فارق هدفين؛ أيضاً أصبح الهداف الأول في دوري أبطال أوروبا، وأصغرهم سناً في تاريخ البطولة، برصيد تسعة أهداف،[70] وفاز أيضاً بجائزة أفضل مهاجم وأفضل لاعب للأرقام، مختتمًا سنة مذهلة في أوروبا.[71] جعل هذا الانتصار برشلونة تتربع على عرش بطولة كأس ملك إسبانيا، والدوري الأسباني ودوري أبطال أوروبا في موسم واحد،[72] وقد كانت هذه المرة الأولى التي فاز فيها نادي إسباني بالثلاثية