ميسي/موسم 2006-07 في برشلونة

في موسم 2006-07، فرض ميسي نفسه كلاعب أساسي للفريق الأول، بتسجيله 14 هدفاً في 26 مباراة.[34] في 12 نوفمبر، وخلال مباراة ضد نادي ريال سرقسطة، أصيب ميسي بكسر في مشط القدم، أبعده عن الملاعب طيلة ثلاثة أشهر.[35][36] تعافى ميسي من إصابته في الأرجنتين، وجاءت عودته للعب ضد راسينغ سانتاندر في 11 فبراير،[37] حيث دخل اللقاء كلاعب بديل في الشوط الثاني. في 11 مارس، شهد الكلاسيكو ميسي في قمة مستواه، بإحرازه هاتريك وإهدائه برشلونة التعادل 3-3، وأتى التعادل الأخير في الوقت المحتسب بدل الضائع.[38] وبذلك أصبح أول لاعب، منذ إيفان زامورانو (لريال مدريد في موسم 1994-95)، يسجل هاتريك في الكلاسيكو.[39] كما أصبح أصغر لاعب في التاريخ يحقق هذا الأمر. وبقرب نهاية الموسم بدأ بهز شباك خصومه أكثر فأكثر؛ فتمكن من تسجيل 11 هدفًا من أصل 14 في الدوري للموسم في آخر 13 مباراة.[40]

ميسي في مباراة ضد نادي رينجرز في سنة 2007.
أثبت ميسي أيضاً أنه "مارادونا الجديد"، من خلال تكرار أهداف مارادونا الأكثر شهرة في العالم في موسم واحد.[41] في 18 أبريل 2007، سجل هدفين في بطولة كأس ملك إسبانيا في النصف النهائي ضد خيتافي، وكان أحد تلك الأهداف شبيهًا إلى حد كبير بهدف مارادونا الشهير ضد إنجلترا في نهائيات كأس العالم لسنة 1986 في المكسيك، المعروف باسم هدف القرن.[42] وقامت الصحف العالمية الرياضية بمقارنته بمارادونا، ووصفت الصحف الإسبانية ميسي بأنه "ميسيدونا"،[43] حيث أنه تمكن تقريباً من ركض نفس المسافة، ألا وهي 62 متر (203 قدم)، وتغلب على نفس العدد من اللاعبين (ستة، بما في ذلك حارس المرمى)، وسجل من وضع مماثل للغاية، وركض نحو الراية الركنية مثلما فعل مارادونا في المكسيك قبل 21 سنة.[41] في مؤتمر صحافي بعد المباراة، قال زميل ميسي في الفريق ديكو: "إنه أفضل هدف رأيته في حياتي".[44] سجل ميسي هدفاً آخرًا ضد إسبانيول، كان مماثلاً أيضًا لهدف مارادونا ضد إنجلترا في الدور الربع النهائي من بطولة كأس العالم، إذ قفز نحو الكرة ولامست يده ليركلها داخل شباك الحارس كارلوس كاميني،[45] وقد احتج عدد من لاعبي إسبانيول قائلين بعدم جواز احتساب الهدف بسبب لمس ميسي الكرة، الأمر الذي أكدته لقطات الإعادة، غير أن الهدف احتسب.[45]

ميسي/موسم 2006-07 في برشلونة قبل وقت قصير من تسجيل هدفه الشهير في مرمى نادي خيتافي